Государственный историко-археологический музей заповедник «Фанагория» предлагает посетителям новые формы виртуального взаимодействия. Так, на официальном сайте музея функционирует раздел «Виртуальный музей». Здесь размещена информация о наиболее ярких предметах из музейной коллекции Фанагории, созданы 3d модели археологических находках и реконструкции архитектурных памятников. Кроме того, каждый посетитель может совершить виртуальную прогулку по раскопу и получить представление о том, каким образом выглядит главное рабочее место археолога в настоящий момент.
В разделе «Видео» представлен архив видеофайлов о раскопках античного города Фанагория, фильмы и сюжеты о деятельности музея-заповедника и экспедиции.
Результаты научной деятельности сотрудников музея и работников экспедиции содержит раздел «Научная и просветительская деятельность», который представляет собой небольшую онлайн-библиотеку, где в открытом доступе размещены файлы каталогов, сборников научных статей, монографии и брошюры о древностях Таманского полуострова.
В социальных сетях – на видеохостинге YouTube, Instagram и Вконтакте в будние и выходные дни проходят онлайн-трансляции лекций ведущих специалистов в области классической археологии и смежных дисциплинах о выдающихся находках Фанагории, истории Боспорского царства и многих других вопросах, которые охватывает историческая наука.