Некрополь Фанагории, включающий как грунтовые, так и курганные погребения, является самым большим на Таманском полуострове. Именно это обстоятельство было одним из факторов в правильной локализации Фанагории, которую античные авторы называют главным городом азиатской части Боспора.
Некрополь Фанагории и курганы расположены вдоль древних дорог, как это было обычным в античном мире. На южном некрополе целые аллеи курганов вытянуты к югу и юго-востоку на протяжении не менее трех км.
Именно курганы раскапывались в первую очередь с конца XVIII в. Практически все курганы в окрестностях Фанагории были разграблены еще в древности или позднее.
Одним из исключений являются знаменитые курганы Большая и Малая Близницы в 8 км к югу от Фанагории, в которых в XIX столетии были открыты, в том числе, и неразграбленные погребения IV в. до н.э. В них были найдены замечательные произведениями ювелирного искусства, изготовленные греческими мастерами (калаф – женский головной убор, пектораль – шейная гривна, браслеты и т.д.). Под курганом Большая Близница было обнаружено три склепа, два из которых оказались нетронутыми. В первом склепе было богатое женское погребение (видимо, жрицы), в третьем был похоронен воин. Второй склеп оказался ограбленным, но на его стенах сохранилась живопись: растительный орнамент, а на верхней плите свода – изображение богини Деметры. Также в этом кургане были и погребения более простых типов, в том числе и найденные непотревоженными. Несколько погребений были раскопаны в кургане Малая Близница.
В 2003 г. под одним из курганов Южного некрополя был открыт датированный IV в. до н.э. разграбленный круглый каменный уступчатый склеп. На полу склепа были найдены фрагменты, видимо, деревянного саркофага.
Самым крупным курганом вблизи от Фанагории является Боюр-гора (диаметр – более 100 м., высота ок. 10 м.), разграбленное главное погребение в центре которого относится к IV в. до н.э. Этот курган впервые привлек внимание археологов во второй половине XIX в. Его дополнительное исследование было проведено в 2011 г. Размеры кургана свидетельствуют о важном статусе похороненного в нем человека. В III в. до н.э. в боковой части кургана Боюр-гора было сделано дополнительное погребение, найденное нетронутым.
Необходимо отметить, что нередко жители Фанагории использовали курганы, насыпанные еще в Бронзовом веке, которые модифицировались для новых погребений.