Фанагория была крупным ремесленным центром Боспора. Результаты археологических исследований свидетельствуют о наличии в городе керамического, металлургического, ювелирного и других производств. Ремесленные мастерские располагались в Фанагории в южной части города вблизи от стены.
Самые ранние следы керамического производства в Фанагории относятся к концу VI в. до н.э. В первой половине следующего столетия в городе функционировала мастерская коропласта. В 1950-х гг. в южной части Фанагории был открыт ремесленный квартал, получивший название «Керамик». В нем были найдены печи, служившие для обжига керамических изделий, датируемые III–IV вв. н.э. В ходе исследований, проведенных в этом районе в 1980-х гг., были обнаружены глиняно-плетневые конструкции с очагами, бывшие, видимо, мастерскими, функционировавшими в V–IV вв. до н.э. В керамических мастерских изготовлялась тара (амфоры), посуда, светильники, статуэтки. Видимо, в IV в. до н.э. в Фанагории началось производство собственной черепицы.
Мастерские по производству металлических изделий (из бронзы и драгоценных металлов) функционировали в Фанагории со времени ее основания, о чем свидетельствуют археологические данные. В них производились предметы быта, бронзовые статуи, оружие, украшения.
Фанагория, очевидно, была одним из важнейших центров ювелирного производства на Боспоре. Есть мнение, что именно в Фанагории были изготовлены великолепные артефакты, найденные в XIX в. в расположенном недалеко от города кургане Большая Близница.
Декоративные элементы зданий и части статуй, обнаруженные в Фанагории, свидетельствуют о работе в городе архитектурных мастерских, а также производстве мраморных скульптур. В городе также изготавливались надгробия.
Не вызывает сомнений, что в Фанагории были мастерские специализировавшиеся на деревообработке, стеклоделии, а также, возможно, ткацком производстве (хотя, обычно ткани производились дома).