Комплектование фондов – одно из основных направлений деятельности ФГБУК «Историко-археологический музей-заповедник «Фанагория». С момента основания коллекции в 2014 году и по настоящее время она продолжает планомерно пополняться и сейчас включает в себя собрание археологических и нумизматических материалов из раскопок Фанагории и ее хоры. На основе фондовой коллекции в музее ведется научно-исследовательская, экспозиционно-выставочная и образовательно-воспитательная работа. На 1 декабря 2016 г. музейный фонд Государственного музея-заповедника «Фанагория» составил 1976 единиц хранения, в том числе- основной фонд – 1963 ед.,- научно-вспомогательный фонд – 13 ед. В настоящее время все имеющиеся музейные предметы распределены по двум научным коллекциям:

1. Коллекция «Археология» базируется на типологическом комплектовании археологических источников – памятников материальной культуры, искусства, письменности, найденных в процессе раскопок, разведок (коллекции), а также случайных находок, относящихся к основным периодам археологической периодизации Фанагории (VI в. до н.э.-X в. н.э.).

2. Коллекция «Нумизматика» базируется на комплектовании нумизматичеких источников, найденных в процессе раскопок, разведок (коллекции), а также случайных находок, относящихся к основным периодам археологической периодизации Фанагории (VI в. до н.э.-X в. н.э.).

Кроме того в музее-заповеднике выделены фондовые коллекции «Фотография, картография и динамические источники», «Природа», «Прочее», пополнение которых планируется начать в ближайшее время на основании палеозоологических, палеоантропологических, архивных материалов Фанагорийской археологический экспедиции. В музее-заповеднике есть уникальные экспонаты, которые сделают честь любому музею международного уровня, хранящему археологические коллекции, например, уникальный клад бронзовых монет времени Митридата VI Евпатора, происходящих из археологических разведок античного поселения Соленый (дальняя хора Фанагории).

Коллекция архитектурных деталей, происходящая из раскопок в затопленной части акватории Фанагории, представляет исключительный интерес, как для академической науки, так и для реконструкции архитектурного облика античного города. Эти материалы позволяют составить наглядное представление об уровне развития урбанизма греческих колоний на северном берегу Евксинского Понта (Черного моря) на протяжении двух исторических эпох (поздняя классика, эллинизм). Основной формой комплектования для Государственного музея-заповедника «Фанагория» являются археологические экспедиции. Кроме того, оптимальными формами комплектования могут служить закупки в специализированных магазинах, у частных лиц; получение экспонатов по завещанию через нотариальную контору; пожертвование частных лиц и организаций; инициативное документирование событий и фактов (фотографии, видеофильмы, запись интервью, воспоминаний и т.д.); обмен предметами с другими музеями, коллекционерами и т.д.; получение вещей, конфискованных в результате работы правоохранительных органов.

Работы по ведению музейного фонда в области учёта и хранения осуществляет Отдел учёта, комплектования и хранения музейных фондов, в задачи которого входят формирование и развитие музейного собрания; обеспечение сохранности музейных коллекций; научноеизучение музейных коллекций и создание оптимальных условий для широкого общественного использования. Все этапы работы по комплектованию фондов осуществляются на основе Инструкции по учету и хранению музейных ценностей, находящихся в государственных музеях СССР, утвержденной приказом Министерства культуры СССР от 17 июля 1985 г. № 290.