Реставрация является неотъемлемой частью археологии, так как она направлена на сохранение материальных объектов исследования. Очень часто только в процессе реставрации раскрывается информация носителями которой являются археологические находки. 

Имеющийся в исследовательской базе научного центра М1 MISTRAL является (энергодисперсионным рентгено-флуоресцентным спектрометром, который применяется для определения элементного состава объемных материалов, а также для анализа покрытий (определение толщины и состава). Специфическая аналитическая задача, для которой применяется М1 MISTRAL – это анализ сплавов требующий высокой точности и исключающий разрушение предмета, то есть это один из наиболее точных неразрушающих методов исследования металлов и их сплавов. Получив точные сведения о составе сплава мы не только составляем программу реставрации, но и получаем ценнейшие исторические сведения.  В настоящее время уже стало очевидным, что знание состава сплава монет дает качественно новые сведения, позволяющие уточнить многие важные исторические аспекты, например торговые связи того или иного государства, технологические влияния, кризисные явления и т.д. Исследование состава сплава монет имеет большое значение для истории металлургии, так как в отличие от других древних изделий из металла монеты представляют собой независимо датируемый материал, что позволяет определить, где и когда впервые стал применяться тот или иной металл или сплав.

Не менее интересны и другие предметы декоративно-прикладного искусства. Так например ювелирные украшения. Применяя неразрушающие методы исследования и сохраняя аутентичность вещей в процессе реставрации мы получаем не только понимание эстетической стороны произведений но и можем определить технику ювелирного производства применяемую две тысячи лет назад.

Наиболее массовыми материалом археологических исследований Фанагории являются находки из керамики, которая как правило фрагментирована, покрыта почвенными и известковыми наслоениями, засолена. Одновременно с камеральной обработкой проводится неотложная консервация керамического материала. В случае необходимости объекты поступают в реставрационную лабораторию.