Археологический памятник Фанагория состоит из городища (включая и его затопленную часть), некрополей, окружающих его с трёх сторон, сельских поселений и усадеб, дорог и т.д.

Объекты археологического наследия «Городище «Фанагория» и «Некрополь «Фанагория», VI в. до н.э. – XI в. н.э.» приняты на государственную охрану Постановлением Совета Министров РСФСР от 30.08.1960 №1327 и от 04.12.1974 №624.

В 2017 году приказом Минкультуры РФ от 27 августа № 1458 «О включении выявленного объекта культурного наследия «Археологический комплекс «Фанагория» памятник был включен в единый государственный реестр объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Российской Федерации в качестве объекта культурного наследия федерального значения в формате ансамбля (ок. 1500 га).

Площадь территории объекта, обладающего признаками ОКН Достопримечательное место «Фанагория», составляет 5310,85 га (периметр границы территории составляет 34243,3 м).  Он включает в себя городище площадью 65 га, более 700 курганов и курганных групп (на площади более 900 га) и другие объекты.