В разные годы экспедицией руководили такие известные учёные как В.Д. Блаватский, М.М. Кобылина, В.С. Долгоруков. С 1993 года экспедицию возглавляет доктор исторических наук В.Д. Кузнецов. В настоящее время экспедиция работает на участках «Верхний город», «Нижний город», где исследуются античный и раннесредневековый периоды, в затопленной части Фанагории, где сохранились остатки портовых сооружений, и на Восточном некрополе. Работа осуществляется при поддержке фонда Олега Дерипаска «Вольное Дело». Фанагорийская экспедиция имеет мощное материально-техническое обеспечение, собственную базу — научно-культурный центр «Фанагория»  и оборудованный лагерь.

Фанагория – крупнейший археологический памятник России античной эпохи, основанный в середине 6 веке до н.э. греческими переселенцами. Город долгое время был одной из двух столиц древнейшего на территории России государственного образования – Боспорского царства (начиная с 5 в. до н.э.).

Исследования Фанагории начались ещё в XVIII веке, но город все еще остаётся малоизученным – прежде всего, из-за больших размеров (более 65 га) и мощности культурных слоев (до 7 м). В отложившихся за 1500 лет культурных напластованиях, общий объём которых достигает 2 500 000 м.куб. земли, исследователей ждут уникальные находки и материальные свидетельства жизни города различных эпох.

Городище Фанагории окружено самым большим в России античным некрополем – общей площадью более 700 га, хранящим огромные культурные, исторические и материальные ценности. Сделанные в его курганах (из которых самые известные – Малая и Большая Близницы) выдающиеся находки хранятся сегодня в лучших музеях страны и мира (таких как Эрмитаж, ГМИИ им. А.С. Пушкина, Лувр, музеи Великобритании, Германии и т.д.).

По масштабам, длительности истории и важности в историко-культурном отношении с ней могут сравниться только самые выдающиеся археологические памятники России. За свою 15-вековую историю Фанагория была крупнейшим экономическим и культурным центром Причерноморья, одним из самых больших греческих городов даже в масштабах Средиземноморья, первой столицей Болгарского государства, одним из важнейших городов Хазарского каганата.