В 1975 г. на вершине холма в центральной части верхнего плато Фанагории был заложен раскоп «Верхний город», работы на котором продолжаются до настоящего времени (они прерывались в 1978 и с 1981 по 1989 гг.). В этом месте находился акрополь античной Фанагории и именно здесь первые поселенцы построили свои жилища. Самые поздние слои на раскопе «Верхний город» относятся к хазарскому времени (VII–IX вв.).
Ранний период истории Фанагории представлен фундаментами и нижними частями домов (построенных из сырцового кирпича), хозяйственными ямами, вымостками улиц, а также расписной импортной керамикой из Ионии. Необходимо упомянуть дом, площадью около 12,5 кв. м, построенный во второй половине VI в. до н.э. и погибший из-за пожара где-то в конце столетия. Он состоял из жилой комнаты, под которой было полуподвальное помещение, имевшее хозяйственные и производственные функции. В нескольких метрах от этого дома были обнаружены следы бронзолитейного производства (включая фрагмент формы для отливки статуи в полный рост).
В более позднее время на акрополе Фанагории, как и в других греческих городах, располагались общественные сооружения (например, здание, относящееся к IV в. до н.э., площадью более 130 кв. м) и храмы.
Слои эллинистического периода (III–II вв. до н.э.) были практически полностью уничтожены в результате работ, которые велись на акрополе где-то на рубеже II–I вв. до н.э. Это было связано со строительством сооружения, которое стало резиденцией царя Митридата VI Евпатора (120–63 гг. до н.э.), в состав черноморской державы которого Боспорское царство и Фанагория вошли в конце II в. до н.э. Резиденция была уничтожена сильным пожаром, о котором известно не только благодаря археологическим данным, но и из рассказа историка Аппиана, описавшего восстание жителей Фанагории против Митридата в 63 г. до н.э.
После пожара территория акрополя была заброшена и вновь стала использоваться только где-то со II в. н.э. В римское время и в средневековый период истории Фанагории это место утратило прежнее общественное и религиозное значение и было отведено под жилую застройку.
В 2016 г. на раскопе «Верхний город» был сделан ряд важных открытий. Был найден фундамент, возможно, самого древнего храма на территории Фанагории, а также раскопан участок ранней фортификации города.
Сенсацией стала находка части каменной стелы с клинописным текстом, служившей порогом в одном из домов. В надписи на древнеперсидском языке было прочитано имя царя Дария I (522–486 гг. до н.э.) при котором начались греко-персидские войны.