Комплектование и хранение музейных фондов – одно из основных направлений деятельности ФГБУК «Историко-археологический музей-заповедник «Фанагория». С момента основания коллекции в 2014 году и по настоящее время она продолжает планомерно пополняться и включает в себя собрание археологических и нумизматических материалов из раскопок Фанагории, ее хоры и других археологических памятников Краснодарского края.

Основной формой комплектования для Государственного музея-заповедника «Фанагория» являются археологические экспедиции. Кроме того, оптимальными формами комплектования могут служить:

• закупки в специализированных магазинах, у частных лиц;
• получение экспонатов по завещанию через нотариальную контору;
• пожертвование частных лиц и организаций;
• инициативное документирование событий и фактов (фотографии, видеофильмы, запись интервью, воспоминаний и т.д.);
• обмен предметами с другими музеями, коллекционерами и т.д.;
• получение вещей, конфискованных в результате работы правоохранительных органов.

На 1 мая 2022 г. музейный фонд Государственного музея-заповедника «Фанагория» составил 7353 единицы хранения, в том числе:

• основной фонд – 7007 предметов, 
• научно-вспомогательный фонд – 346 предметов.

В музее-заповеднике есть уникальные экспонаты, которые сделают честь любому музею международного уровня, хранящему археологические коллекции. В настоящее время все имеющиеся музейные предметы распределены по 3 научным коллекциям:

1. Коллекция «Археология» (2285 предметов). Фонд включает в себя разнообразные находки, полученные в результате археологических раскопок/разведок на территории городищ или святилищ Таманского полуострова. Коллекция богата расписной керамикой, амфорными клеймами, граффити и прочими находками, позволяющим изучать историю Таманского полуострова. Особое место занимает фрагмент стелы с клинописным текстом, обнаруженный при раскопках городища Фанагории (ФМ-КП-32/114 А1683 ГК9180307), это практически единственная находка клинописного текста за пределами Персидского государства. Коллекция архитектурных деталей, происходящая из раскопок в затопленной части акватории Фанагории, представляет исключительный интерес, как для академической науки, так и для реконструкции архитектурного облика античного города (с данными реконструкциями можно ознакомиться в разделе 3-D модели). Помимо коллекций Фанагорийской экспедиции в фонды музея-заповедника принимаются находки из других памятников. Так были приняты предметы из уникального в своем роде святилища Элевсинских богинь «Береговой-4» (ФМ-КП-70/1-67 А2057-2123).
2. Коллекция «Нумизматика» (4256 предметов). Коллекция нумизматических находок богата разнообразием номиналов монет из различных сплавов, обнаруженных в ходе ряда раскопок на территории Краснодарского края. Помимо одиночных монет в фондах хранится порядка 10 кладов. Самый многочисленный клад из Фанагории насчитывает 7904 монеты, ввиду его количества монеты принимаются в фонды музея частями. Уникальным в своем роде является клад из 162 серебряных монет, обнаруженных при раскопках городища. Он является одним из самых ранних античных кладов на территории юга России и относится к 500-480 гг. до н.э. (ФМ-КП-86/1-162 Н1433-1594).
3. Коллекция «Археология некрополя» (466 предметов). Основную часть фонда составляет погребальный инвентарь из некрополей Фанагории, Кеп и иных памятников Краснодарского края, который достаточно однообразен для всех античных памятников – это бусины, керамические изделия, предметы из металла, стекла. Однако встречаются и интересные экземпляры. Так из семейного склепа происходит ворот из золотых бляшек (ФМ-КП-110/10-131 АН263-384), зафиксированный в погребении на месте изначального расположения. Из последних приемов интерес представляют находки из погребения сарматского воина из курганной группы «Динская 29» (ФМ-КП-115/1-50 АН417-466). Усилиями реставраторов музея-заповедника удалось сохранить практически все предметы в их первоначальном виде, так, например, был законсервирован набор деревянных стрел с золотыми деталями горита.
4. Кроме того, в музее-заповеднике выделены фондовые коллекции «Фотография, картография и динамические источники», «Природа», «Прочее», пополнение которых планируется начать в ближайшее время на основании палеозоологических, палеоантропологических, архивных материалов Фанагорийской археологический экспедиции.
   

Все коллекции располагаются в трех фондохранилищах, для каждого материала подобраны свои особенности хранения. Так, например, весь металл хранится в герметичных боксах с силикагелем, а крупные предметы на специально оборудованных подставках из химически нейтральных материалов. С 2021 года в одном из фондохранилищ было организовано открытое хранение, что позволяет проводить там постоянные экскурсии по маршруту «Кладовая Фанагории». Экскурсия проводится хранителем фондов, который познакомит посетителей с особенностями хранения, реставрации и изучения археологических находок.

В настоящий момент ведется работа по организации золотой кладовой музея Фанагории, где будут хранится одни из лучших экземпляров ювелирных изделий античного времени. 

С коллекциями музея-заповедника можно ознакомиться на сайте музея, а также на сайте Государственного каталога Музейного фонда Российской Федерации (https://goskatalog.ru), раздел с предметами музея-заповедника постоянно пополняется принятыми находками.