Создание Государственного музея-заповедника «Фанагория» имеет долгую экспедиционную предысторию: от первых раскопок Фанагории в XIX веке – времени, когда методы проведения археологических исследований ещё не сформировались, до по-настоящему научного исследования города, которое начинается в 1936 году экспедицией Государственного музея изобразительных искусств под руководством А.П. Смирнова и В.Д. Блаватского. Уже в те времена была очевидна необходимость создания учреждения для изучения и сохранения, обнаруженных археологических находок. Однако создание подобного музея в тот период было сопряжено с определёнными трудностями и по ряду причин было невозможным. Поэтому найденные артефакты отправлялись в коллекции других музеев. Предстоял долгий процесс определения границ и площади памятника, сбора и изучения новых находок, полученных в ходе изучения памятника.


Следующей вехой в истории исследования Фанагории стала деятельность экспедиции под руководством М.М. Кобылиной после Великой Отечественной войны. Раскопки велись на центральной части нижнего плато Фанагории, на юго-восточной окраине.В 1958–1959 годах впервые были проведены работы по изучению затопленной части города под руководством В.Д. Блаватского, в результате которых выявлена северная граница Фанагории. Принципы проведения археологических исследований, сформированные советскими учеными-археологами в прошлом веке, заложили мощную научную основу для дальнейшего изучения археологического памятника.


С 1993 года и по настоящее время экспедицией руководит доктор исторических наук, директор Государственного музея-заповедника «Фанагория» В.Д. Кузнецов (Фанагорийская экспедиция Института археологии РАН). В 1999 году возобновились подводные исследования фанагорийской акватории, которые вышли на качественно новый уровень с применением современного научного оборудования. Именно в затопленной части обнаружены такие уникальные находки как остов корабля из флотилии Митридата VI Евпатора, остатки портового фундамента и ряд лапидарных надписей. Проводились исследования и некрополя Фанагории.


Важное значение для возникновения научно-музейного комплекса имело посещение археологического памятника премьер-министром Российской Федерации В.В. Путиным в 2011 году. По итогам этой встречи было принято решение о постройке научно-культурного центра «Фанагория» при поддержке благотворительного фонда «Вольное дела». 18 апреля 2014 года считается датой рождения Государственного музея-заповедника «Фанагория». В этот день подписано распоряжение Правительства РФ о создании музея, и с этого момента началось формирование собственной музейной коллекции.


Музей имеет свою структуру и в настоящее время действует по следующим направлениям:
– культурно-просветительская работа, которая включает в себя экскурсионную деятельность, методические разработки экскурсионных маршрутов, проведение мероприятий, направленных на популяризацию истории и археологии, поиск социальных партнёров и сотрудничество с ними;
– работа в сфере информационных и мультимедийных технологий, их широкое привлечение в экспозиционно-выставочную и просветительскую деятельность;
– организация и проведение экспозиций и выставок;
– археологические исследования, работы по охране и мониторингу объектов культурного наследия;
– работы по реставрации, консервации и сохранению найденных предметов.


Важной задачей музея является комплектация и пополнение музейных фондов. Некоторые из музейных предметов являются уникальными и в будущем станут частью экспозиции. Материалы фондов используются в научной, исследовательской и образовательной целях.


На базе музея сложился энергичный и деятельный коллектив, который открыт ко всем новым трендам музейного дела, штат сотрудников и специалистов постоянно пополняется.


В будущем, когда будет построено собственное здание, музей станет полноценной частью экосистемы научного комплекса Фанагории. Уже сейчас здесь происходит полный цикл работ: от находки предмета в ходе археологических раскопок, до его обработки, реставрации, принятия в музейный фонд и экспозиции. Особенность музея-заповедника состоит также в том, что территория античного городища свободна от современной застройки. Всё это делает Государственный музей-заповедник «Фанагория» исключительным местом на территории Таманского полуострова.