Музей-заповедник «Фанагория», основанный в 2014 году, расположился на территории археологического памятника — античного города Фанагория, который просуществовал более 1 500 лет и погиб предположительно в результате вражеского нашествия.

Уникальность места, где находится музей-заповедник, заключается в том, что территория археологического памятника практически полностью свободна от современных построек, благодаря чему есть возможность как сохранять целостность природно-ландшафтной историко-культурной среды, так и проводить академические экспедиции, которые продолжают многолетние исследования истории города.

Коллекция уникальных артефактов, обнаруженных во время раскопок Фанагории и ее округи, рассказывает о жизни греческих поселенцев на территории нынешней России и о событиях, происходивших здесь в античную и средневековую эпохи.