История Фанагории очень неравномерно освещена дошедшими до настоящего времени источниками – известны только ее отдельные и весьма немногочисленные эпизоды. О них свидетельствуют сообщения ряда античных и византийских писателей, эпиграфические материалы (надписи с текстами городских постановлений, посвящений и т.д.). Определенную информацию об истории Фанагории дают монеты.
Географическое положение Фанагории описывается или просто упоминается Псевдо-Скилаком (IV в. до н.э.), Псевдо-Скимном (II в. до н.э.), Страбоном (ок. 64/63 г. до н.э. – 23/24 г. н.э.), Плинием Старшим (ок. 22–79 гг. н.э.), Клавдием Птолемеем (II в. н.э.) и некоторыми другими писателями.
Информация об основании Фанагории ок. 540 г. до н.э. выходцами из малоазийского города Теос во главе с неким Фанагором, бежавшими от экспансии персов, сохранилась у Арриана (ок. 86–160 гг. н.э.). Стефан Византийский (VI в. н.э.) со ссылкой на писателя рубежа VI–V вв. до н.э. Гекатея также сообщает, что Фанагория была названа в честь Фанагора. Псевдо-Скимн подтверждает, что город основали выходцы из Теоса.
В 63 г. до н.э. жители Фанагории подняли восстание против Митридата VI Евпатора (120–63 гг. до н.э.), в составе черноморской державы которого город находился с конца II в. до н.э. Рассказы об этих событиях сохранились у Аппиана (ок. 85–165 гг. н.э.), а также позднеантичного автора Павла Орозия (ок. 385–420 гг. н.э.). Также Аппиан рассказывает о подчинении Фанагории, получившей в 63 г. до н.э. от римлян статус свободного города, царем Боспора Фарнаком, одним из сыновей Митридата.
Имеются разрозненные упоминания о Фанагории в источниках византийского времени: например, у Прокопия Кесарийского (ок. 500–565 гг.) и в «Хронографии» Феофана (ок. 760–818 гг.).
Важнейшей категорией источников для истории Фанагории являются надписи. Одни из самых ранних фанагорийских эпиграфических документов – это декреты о проксении (установлении отношений гостеприимства), дарованной от имени боспорских царей IV в. до н.э., видимо, Левкона I (ок. 393/392–352/351 гг. до н.э.) и Перисада I (344–310 гг. до н.э.).
Городское постановление 88/87 г. до н.э. о включении в гражданский коллектив наемников фиксирует политическое устройство Фанагории (наличие народного собрания и т.д.), как формально автономного полиса в составе державы Митридата Евпатора.
Некоторые из надписей хорошо дополняют знания о событиях в истории города, известных из сообщений античных авторов. Например, найденный в Фанагории в 2005 г. постамент погребального монумента Гипсикратии, «жены царя Митридата Евпатора Диониса», подтвердил сообщения Плутарха (ок. 46–127 гг. н.э.) и Валерия Максима (I в. н.э.) об одной из супруг (или наложниц) Митридата, которая, очевидно, погибла в Фанагории в 63 г. до н.э. (о чем античные писатели не упоминают).
С другой стороны, из надписи 220 г. н.э. о восстановлении колоннады (стои) в городе известно, что Фанагория пострадала от действий какого-то противника, но в имеющихся сообщениях античных авторов информации об этом нет.
Посвятительные надписи в честь богов свидетельствуют о культах, распространенных среди жителей Фанагории (Афродиты, Аполлона, Геракла и др.). Можно упомянуть фрагментарный текст закона (II в. н.э.) о регламентации обрядов при исполнении культа какого-то женского божества.
Сведения о жизни города и его гражданах дает и так называемая «малая эпиграфика»: надписи на керамике и металлических предметах.
Фанагорийские монеты свидетельствуют об экономическом развитии, а также политическом статусе города. Некоторые клады монет можно связать с конкретными историческими событиями (например, уже упомянутым выше восстанием против Митридата в 63 г. до н.э.).
Археологические исследования в Фанагории помогли выявить фазы развития города, обнаружить следы разрушений и перестроек, которые иногда соотносятся с событиями, известными из сообщений античных писателей. Например, на акрополе Фанагории (раскоп «Верхний город») были открыты следы масштабного пожара, который упоминается Аппианом при описании восстания горожан против Митридата.
Археологические свидетельства о разрушениях и пожарах в Фанагории в конце V в. до н.э., наряду с разбором в это время стен и прекращением чеканки, можно связать с вхождением города в состав боспорской державы Спартокидов (в литературной традиции сведений об этом не сохранилось).
Найденные в ходе раскопок импортные керамические материалы (амфоры, посуда и т.д.) позволяют реконструировать экономические связи Фанагории.
Только комплексное использование всех видов имеющихся источников вместе с материалами археологических исследований позволит воссоздать, по крайней мере, главные этапы исторического развития Фанагории.