Южный некрополь раскинулся по сторонам древних дорог к югу и юго-востоку от горы Майская на протяжении около трех км. Курганы Южного некрополя образуют своеобразные «аллеи». В некоторых местах прослеживаются параллельные ряды курганов. Захоронения в южной части некрополя Фанагории производились с IV в. до н.э. до римского времени включительно.
Ряд курганов на Южном некрополе был раскопан еще в XIX в. Именно на территории Южного некрополя находятся такие знаменитые курганы как Большая и Малая Близницы, а также Боюр-гора. В погребениях IV в. до н.э. под курганом Большая Близница были открыты шедевры античного ювелирного искусства.
В 2003 г. на Южном некрополе под одним из курганов был раскопан круглый уступчатый склеп IV в. до н.э., который, к сожалению, оказался разграбленным.
В настоящее время на части Южного некрополя проводятся спасательные археологические исследования, т.к. здесь ведется строительство трассы к мосту через Керченский пролив.