В ходе Великой колонизации греки нередко основывали поселения в качестве торговых пунктов – эмпориев. Впоследствии они могли получить статус полноценного города. Однако нет никаких свидетельств, что до основания ок. 540 г. до н.э. Фанагории на ее территории существовал эмпорий.
О широких торговых связях Фанагории со многими государствами бассейна Эгейского моря и Восточного Средиземноморья свидетельствует керамическая тара: амфоры, служившие для транспортировки жидких продуктов (вина и масла). Ведущие центры производства амфор маркировали свою продукцию узнаваемыми штампами с надписями и символикой (например, на амфорах с острова Фасос присутствовал штамп с изображением лягушки и змеи).
Наиболее ранние амфоры, найденные в Фанагории (вторая половина VI – первые десятилетия V вв. до н.э.) производились в таких греческих городах на западе Малой Азии, как Милет и Клазомены, а также на островах Лесбос, Самос и Хиос.
Затем усиливается приток в Фанагорию продукции из городов-государств северной части бассейна Эгейского моря: Фасоса, Менды и Аканфа. В IV в. до н.э. увеличивается роль городов на южном побережье Черного моря (Синопа, Гераклея и др.), а также Книда на юго-западе Малой Азии.
С конца VI в. до н.э. в Фанагории появляется аттическая керамика (килики, скифосы, тарелки), однако это не свидетельствует о наличии прямых торговых контактов с Афинами.
Начиная с классической эпохи Северное Причерноморье, включая Боспорское царство и Фанагорию, стало хлебной житницей Эллады. Важным сельскохозяйственным районом являлась именно территория Таманского полуострова (в античности это были острова). Также на Балканы из Северного Причерноморья поставлялась рыба, кожа и некоторые другие товары.
Фанагория вела торговлю с соседними варварскими племенами синдов и меотов. Об экономической важности Фанагории на рубеже эр писал античный автор Страбон: «Фанагория, по-видимому, является перевалочным пунктом для товаров, доставляемых из Меотиды и вышележащей варварской страны».
Фанагория сохранила важную экономическую роль и в римское время, а также в позднеантичную эпоху, о чем свидетельствуют археологические материалы.