XIX
Первые раскопки
Создание Государственного музея-заповедника «Фанагория» имеет долгую экспедиционную предысторию: от первых раскопок Фанагории в XIX веке – времени, когда методы проведения археологических исследований ещё не сформировались, до по-настоящему научного исследования города.
1936
Научное исследование
По-настоящему научное исследования города начинается в 1936 году экспедицией Государственного музея изобразительных искусств под руководством А.П. Смирнова и В.Д. Блаватского. Уже в те времена была очевидна необходимость создания учреждения для изучения и сохранения, обнаруженных археологических находок. Однако создание подобного музея в тот период было сопряжено с определёнными трудностями и по ряду причин было невозможным. Поэтому найденные артефакты отправлялись в коллекции других музеев. Предстоял долгий процесс определения границ и площади памятника, сбора и изучения новых находок.
1958
Экспедиция Кобылиной М.М.
Следующей вехой в истории исследования Фанагории стала деятельность экспедиции под руководством М.М. Кобылиной после Великой Отечественной войны. Раскопки велись на центральной части нижнего плато Фанагории, на юго-восточной окраине. В 1958–1959 годах впервые проведены работы по изучению затопленной части города под руководством В.Д. Блаватского, в результате которых выявлена северная граница Фанагории. Принципы проведения археологических исследований, сформированные советскими учеными-археологами в прошлом веке, заложили мощную научную основу для дальнейшего изучения памятника.
1993
Экспедиция ИА РАН
С 1993 года и по настоящее время экспедицией руководит доктор исторических наук, директор Государственного музея-заповедника «Фанагория» В.Д. Кузнецов (Фанагорийская экспедиция Института археологии РАН). В 1999 году возобновились подводные исследования фанагорийской акватории, которые вышли на качественно новый уровень с применением современного научного оборудования. Именно в затопленной части обнаружены такие уникальные находки как остов корабля из флотилии Митридата VI Евпатора, остатки портового фундамента и ряд лапидарных надписей. Проводились исследования и некрополя Фанагории.
2004
Фонд “Вольное дело”
С 2004 года Фанагорийскую экспедицию Института археологии РАН поддерживает благотворительный фонд Олега Дерипаска «Вольное дело». Содействие Фонда позволило значительно увеличить масштабы исследования. За последние годы площадь раскопок увеличилась до 7500 квадратных метров.
2011
Визит В.В. Путина
Важное значение для возникновения научно-музейного комплекса имело посещение археологического памятника премьер-министром Российской Федерации В.В. Путиным в 2011 году. По итогам этой встречи было принято решение о постройке научно-культурного центра «Фанагория» при поддержке благотворительного фонда «Вольное дела».
2012
Научный центр
В 2012 году был открыт Научно-исследовательский центр «Фанагория», который стал постоянно действующей базой экспедиции и позволил вести научные исследования круглогодично. Сегодня в здании Центра формируется крупнейшая в России научная библиотека по античному, римскому и византийскому периодам истории Юга России и Крыма, а также в целом древней истории Греции, Рима, Византии, возникновению и развитию христианства в России. В здании Центра оборудованы современные лаборатории, позволяющие учёным прямо на месте раскопок вести исследования и реставрацию находок, здесь также хранится оборудование экспедиции.
2014
Создание музея
18 апреля 2014 года считается датой рождения Государственного музея-заповедника «Фанагория». В этот день подписано распоряжение Правительства РФ о создании музея, и с этого момента началось формирование собственной музейной коллекции.
2021
Создание филиала
9 июля 2021 г. был открыт филиал Государственного музея-заповедника «Фанагория», который расположился в Парке науки и искусства федеральной территории «Сириус» Филиал – первая постоянная экспозиция музея. На выставке представлены уникальные артефакты из раскопок древней Фанагории: расписная посуда, амфоры, терракотовые статуэтки, монеты из драгоценных металлов, а также раннехристианские реликвии. Экспозицию дополняют исторические рекострукции древних интерьеров, мультимедийная реконструкция города, а также интерактивные планшеты, на которых в игровой форме можно узнать о торговле и ремесленном производстве в античную эпоху.