Фанагория была основана основана в 6 веке до нашей эры (около 539 г. до н.э.) переселенцами из греческой области Иония, находившейся на берегу Малой Азии.

Иония являлась богатейшей частью греческой ойкумены. Большие просторы, плодородные земли и другие ресурсы превратили многочисленные ионийские города, располагавшиеся вдоль малоазийского побережья Эгейского моря, в процветающие центры. Однако в VII в. до н.э. наступили тяжелые времена. Угроза пришла с востока, со стороны Лидийского царства. Войска этого государства стали нападать на территории эллинских городов, подвергая их опустошению.